消費税計算書の収入/経費画面の「[B]課税取引にならないもの」の金額は、出納帳や振替伝票で「税率」が『非(非課税)』、『不(不課税)』、『免(免税)』になっている取引から集計されます。
『旧8』、『新8』、『新10』になっている場合は集計されませんので、出納帳等の「税率」が何になっているかご確認ください。

税率を『非課税』等に変更したい場合は、摘要登録の「増税後税率」(または、「税率」)を変更してください。
なお、同じ摘要でも税率が異なる取引がある場合は、税率ごとに摘要を分けて登録してください。
【参考Q&A】同じ摘要でも消費税率が異なる取引がある場合はどうすればよいでしょうか?