当ソフトは税込処理を基本としているため、出納帳や決算書等は税込金額で入力を行ってください。

このことは消費税課税事業者の消費税計算書に不適格な影響を及ぼすものではなく、法的にも認められております。
従って、「一般用」、「簡易課税用」ともに経理上は税込処理で問題ありません。
(その場合に支払った消費税は、租税公課での処理になります。)