売掛金が預金口座に入金された際の取引は、売掛帳と預金出納帳の両方に入力すればいいでしょうか？

売掛金が入金された際の取引は売掛帳と預金出納帳のどちらでも入力できますが、必ずどちらか一方だけに入力してください。
（売掛帳へ入力する方が分かりやすいのでおすすめです。）

例えば、売掛帳に「営農口座【普通預金】」科目を使って入金額を入力すると、同じ取引が営農口座の出納帳にも自動的に追加されます。
反対に、営農口座で「売掛金」科目を使って入力した場合も、自動的に売掛帳へ追加されます。
そのため、両方の出納帳に入力してしまうと、二重計上になってしまいますのでご注意ください。

（現金で売掛金を受け取った場合も同様の入力方法となります。）

⇒ 【参考Q&A】売掛金が入金された際の取引を入力する

Q&A番号:0603c